Naast vrijstellingen en ontheffingen gelden er voor een aantal diersoorten ook provinciale opdrachten (vroeger onder de Flora- en faunawet: provinciale aanwijzingen). Opdrachten regelen:
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Europa voorkomen, zoals beverrat, marterhond, muskusrat, nijlgans, wasbeer en rosse stekelstaart
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Fryslân voorkomen, zoals wild zwijn,
- de bestrijding van soorten die verwilderd zijn, zoals verwilderde duif, verwilderde grauwe gans (boerengans) en verwilderde kat, zie aanwijzing friesland
- afschot van damherten in het gebied Oranjewoud-Katlijk. Zie Opdracht damhert van 6 juli 2021. Voor deze opdracht loopt momenteel nog een bezwaarprocedure.