Naast vrijstellingen en ontheffingen gelden voor een aantal diersoorten provinciale opdrachten (onder de Flora- en faunawet werden dit provinciale aanwijzingen genoemd). Een provinciale opdracht regelt:
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Europa voorkomen, zoals: beverrat, wasbeerhond, muskusrat, nijlgans, wasbeer en rosse stekelstaart;
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Fryslân voorkomen, zoals het wildzwijn;
- de bestrijding van soorten die verwilderd zijn, zoals: verwilderde duif, verwilderde grauwe gans (boerengans) en verwilderde kat;
- tijdelijke beheermaatregelen voor een bepaalde diersoort, zoals de opdracht voor het beheer van reeën in de provincie Fryslân.
Momenteel gelden binnen provincie Friesland de volgende opdrachten:
- Aanwijzing Friesland;
- Opdracht beheer Ree 2020-2024: deze opdracht omvat tijdelijke beheermaatregelen (inclusief afschot) voor reeën in het kader van de openbare veiligheid (verkeersveiligheid) en ter voorkoming en bestrijding van het onnodig lijden van zieke of gebrekkige reeën. De opdracht is op 20 december 2019 verleend door Provincie Fryslân en is geldig t/m 31 december 2024.
- Opdracht Wasbeerhond 2023: per 1 december 2023 heeft Provincie Fryslân een opdracht voor de wasbeerhond afgegeven die afschot met nachtzichtapparatuur en vangen met een kastval mogelijk maakt.