Naast vrijstellingen en ontheffingen gelden voor een aantal diersoorten provinciale opdrachten (onder de Flora- en faunawet werden dit provinciale aanwijzingen genoemd). Een provinciale opdracht regelt:
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Europa voorkomen, zoals: beverrat, marterhond, muskusrat, nijlgans, wasbeer en rosse stekelstaart;
- de bestrijding van soorten die niet van nature in Fryslân voorkomen, zoals wildzwijn;
- de bestrijding van soorten die verwilderd zijn, zoals: verwilderde duif, verwilderde grauwe gans (boerengans) en verwilderde kat, zie aanwijzing friesland;
- tijdelijke beheermaatregelen voor een bepaalde diersoort, zoals de opdracht voor het beheer van reeën in de provincie Fryslân. De opdracht omvat beheermaatregelen (inclusief afschot) voor reeën in het kader van de openbare veiligheid (verkeersveiligheid) en ter voorkoming en bestrijding van het onnodig lijden van zieke of gebrekkige reeën. De opdracht is geldig t/m 31 december 2024. Zie opdracht beheer ree 2020-2024 van 20 december 2019.